برای تهیه نقشه دمایی ابتدا باید یک پروتکل آماده شود. این پروتکل که می‌تواند از دستورالعملی‌های مختلفی همچون WHO.961 یا PIC/S یا ISPE فراهم شود، در واقع نحوه اجرای عملیات را برنامه ریزی و تدوین می‌نماید.
پس از تهیه پروتکل، عملیات جایگذاری سنسورها در فضای مورد نظر انجام شده و پس از یک دوره 7 روزه سنسورها جهت انجام پایش‌های نرم افزاری جمع آوری می‌شوند.
پایش اطلاعات سنسورها در چهارچوب تعیین کمینه، بیشینه و میانگین دمایی بوده و در پایان تعادل دمایی و ضرایب انحراف از معیار محاسبه خواهد شد.
از آنجا که نقاط سرد و گرم انبار از اهمیت بیشتری برخوردار هستند، لذا هدف نهایی نقشه دمایی تعیین نقاط سرد و گرم انبار است تا با قرار گرفتن دیتالاگر دائمی در آن نقاط، پایش دائمی دما صورت پذیرد و از افزایش یا کاهش ناگهانی دما که منجر به وارد آمدن شوک حرارتی به مواد دارویی می‌شود، جلوگیری شود.
در استانداردهای تعریف شده بین‌المللی، باید در فضای انبار به صورت افقی هر 5متر تا 10متر یک نقطه و در فضای سردخانه باید هر 2 تا 3 متر یک نقطه به عنوان نقطه سنجش انتخاب شود. چیدمان سنسورها در نقاط انتخاب شده باید از کف زمین تا بالاترین سطح انبارش باشد. در پروتکل‌های جدید پیشنهاد شده که از دیتالاگرهای مخصوص نقشه برداری دمایی که دارای 4 سنسور هستند استفاده شود.
ذخیره سازی اطلاعات نیز باید هر 5 دقیقه یکبار انجام شود. اما بسیاری از شرکت‌ها به ذخیره سازی اطلاعات هر 10 دقیقه یکبار اکتفا می‌کنند. پس از اتمام عملیات نقشه برداری نیز در هر نقطه دمای کمینه و دمای بیشینه و دمای میانگین مشخص شده و در گزارش ضمیمه می‌شود. در پایان هم ضریب انحراف از معیار و همچنین ثابت تعادل دمایی محاسبه می‌شود و این عملیات در نهایت منجر به مشخص شدن نقاط سرد و گرم انبار می‌شود.